Uma espécie autóctone é aquela que ocorre naturalmente no território onde vive e que não foi levada para lá recentemente. Exemplos de espécies autóctones portuguesas: Caboz-de-água-doce, Salamandra-lusitânica, Sardão, Melro-d’água, Lobo-ibérico, Quercus-robur (carvalho), Castania-sativa (castanheiro) e Palmeira-das-vassouras.